مقام معظم رهبری، حضرت امام خامنه‌ای درباره نحوه برخورد امام خمینی با گروه‌ها و جریان‌های مختلف در دوران مبارزه می‌فرمایند: از اول انقلاب در بین همین گروه‌هايی که در دوران پیش از انقلاب و در حوادث سال‌های مبارزات، همه در کنار هم بودیم، اختلاف‌هايی به وجود آمد. امام (رضوانالله تعالی علیه) با همه این اختلافات یک جور برخورد نکرد. همین طور که در روش امیرالمؤمنین(ع) عرضکردیم، روش امام (رضوانالله علیه) هم همین جور بود؛ یعنی اول با مدارا، با نصیحت، لیکن آن وقتی که اقتضاء کرد، برخورد کرد.
رهبر معظم انقلاب فرمودند: یک گروه مربوط به دولت موقت بودند و مشکلات آنها بود، یک گروه آن کسانی بودند که علیه لایحه قصاص آن حرکت راانجام دادند، یک گروه حتّی کار را به ترور و درگیری‌های خیابانی کشیدند؛ با هر کدام از اینها امام یک نحوی برخورد کرد. در سطوح بالای حکومت همبود؛ نخست‌وزیر بود، رئیس‌جمهور بود، حتّی بعدها در اواخر عمر امام رضوان الله علیه در سطوح بالاتر از رئیس‌جمهور هم بود. امام با کسانی که احساس کردند نمی‌شود با اینها بیش از آن مدارا کرد، برخورد کردند. همه هم سوابق انقلابی داشتند، سوابق مذهبی داشتند، خیلی‌شان هم درسطوح بالا بودند؛ لیکن خوب، این‌جور شد دیگر؛ این انشعاب‌ها پیش آمد. بعضی واقعاً با امام درافتادند؛ بعضی نه، اختلاف نظری هم بود، اما بهدرگیری و دعوا و انشعاب و انشقاق نینجامید.
همچنین در بخشی از کتاب "1318" که به روایت خاطرات رهبر معظم انقلاب می‌پردازد آمده است: بعضی با امام درافتادند و مدارای امام را ندیدهگرفتند. امام به همین گروهک منافقین که خواسته بودند بیایند با ایشان ملاقات کنند، پیغام دادند که اگر شما به حق عمل کنید، من می‌آیم سراغشما؛ اگر دست از این کارهای خلاف بردارید، خود من می‌آیم سراغ شما. یعنی امام تا این حد با اینها مدارا کردند و حرف زدند. خوب، وقتیاحساس خطر شد؛ به‌خصوص آن وقتی که مسئله، مسئله رسوخ دادن مبانی غلط در کالبد نظام و انقلاب است، این دیگر مثل سمِ مهلک است. آنوقت امام رعایت نکردند، مدارا نکردند؛ برخورد کردند. این در مورد آن چیزهايی است که در اختلافات بنیانی است.
